Así, la excavación ha ratificado una serie de hipótesis de los arqueólogos que constatan que esta primera iglesia se va transformando por los avatares militares de la zona. En concreto, hay que remontarse a cuando en el siglo XIII Fernando III 'El Santo' entregó Lopera a la orden militar de Calatrava, orden que llevó a cabo en el núcleo rural la construcción de dicha iglesia.
Según ha aclarado Armenteros, como en todas las iglesias de la época, se planificaron en ella tareas de enterramiento dentro y fuera de la misma. Sin embargo, la peculiaridad de este recinto es que en el año 1369 fue destruido en el marco de un enfrentamiento bélico, entre Pedro I 'El Cruel' y Enrique II de Trastámara, si bien al primero lo apoyaron las tropas nazaríes, las que entraron en Lopera y destruyeron la iglesia quemándola.
Más tarde, los calatravos volvieron a rehacer la iglesia como castillo-iglesia, lo que quiere decir, según Castillo Armenteros, que se rezaba en el interior, en la parte baja del templo, y se defendía en la parte alta del mismo en un patio de armas. En este momento, ha explicado, los calatravos no enterraban en el interior del castillo-iglesia, pero sí lo hacían en las zonas más próximas a la cabecera de la iglesia, donde se hallaban dos panteones para enterrar a los ilustres.
El arqueólogo ha recordado que en 1466 entraron las tropas cristianas de Enrique IV en la zona, que se enfrentan a los ejércitos de la orden militar de Calatrava. Así, la destrucción por parte de los cristianos de dicha fortificación es aprovechada por comendadores de Lopera para construir una iglesia fuera del castillo y ese uso religioso desaparece exceptuando la cabecera, donde se crea un oratorio.
Por último, ya en 1535, con el comendador Juan Pacheco y Torres, no se edifica la iglesia, sino que se crea un oratorio, la Torre de Santa María, y además, dentro, en la zona de culto, se construye un patio en torno al cual se construye un palacio con su heráldico y sus correspondientes dependencias. En el siglo XX, y tras la desamortización de los bienes de la Iglesia, el lugar se convierte, ya bajo titularidad privada, en una enorme bodega.
