En el marco de unas intervenciones que ha encabezado el profesor de la Universidad de Jaén Juan Carlos Castillo Armenteros, la limpieza de paramentos también ha permitido recuperar antiguas inscripciones renacentistas, de la época en la que Juan Pacheco era comendador de Lopera, que habían permanecido ocultas bajo capas de encalados. Los hallazgos están permitiendo recuperar y consolidar diversos elementos exhumados en antiguas áreas de enterramientos de época medieval, lo que ha requerido la incorporación al equipo de técnicos especialistas en restauración, que pondrá en valor algunos de los elementos recogidos en el interior de estas sepulturas, desde restos de maderas y clavos de los ataúdes en los que fueron inhumados los difuntos en el siglo XIV, así como elementos del vestuario de la época —zapatos, brazaletes y monedas— y otros decorativos y funcionales del edificio religioso, como fragmentos de una pila bautismal. Asimismo, gracias a la intervención arqueológica se ha constatado la existencia de una alquería o núcleo rural de época islámica (siglos XII-XIII) previo a la edificación de la fortaleza.
