El cuadro de la Virgen del Pópulo es otra de las obras que enriquecen la Santa Capilla de San Andrés. Se trata de un óleo sobre siete tablas unidas, con unas dimensiones totales de 2,06 x 2,96 m. Representa a la Virgen con el Niño en su brazo izquierdo. Un halo luminoso rodea las cabezas de ambos, lo que motiva el otro nombre por el que es conocido el cuadro: Ntra. Sra. de la Luz. Dos ángeles colocados a ambos lados sostienen el manto de la Virgen bajo el que se cobijan diferentes personajes, entre ellos un Pontífice con diez religiosos y un Rey y una Reina con siete cortesanos. Primitivamente estuvo situado en otro lugar de la iglesia. Hacia 1922 fue colocado en la Santa Capilla. Se ha atribuido, entre otros, a Fray Filipo Lippi, a Juan de Borgoña y a Pedro de Machuca, aunque su origen cierto se desconoce.